解析ブログ | Takamitsu OHIGASHI

Ars longa, vita brevis

芸術は長く、人生は短し

論文・申請書執筆に使えるリンク集【たまに更新】

【全般】・簡単な日本語への言い換え日本語チェック（水元さん）・雑誌名の略称の検索 Science and Engineering Journal Abbreviations 【論文】・論文の構成論文に何を書くべきか→これだけは埋めろ→論文作成穴埋めシート...

自分が研究でよく使うRコード集

他の人に役に立つかわからないけど、自分はよく使うコードをメモ。変数名は適宜変更してください。・数値が文字列として認識されてしまったときに、数値型に戻す num <- as.numeric(as.character(as.factor(nm)))...

生態学系の有用リンク集【たまに更新】

【理論系】系統樹分子系統解析の最前線群集生態学群集生態学における共存理論の現代的統合細菌群集の時空間分布と物質循環をつなぐ：細菌とメタ群集理論基礎生態学基礎生態学【解析系】統計実験計画の立て方とRを用いた分散分析: 実験計画法に応じた分散分析の実行...

【主著論文1本で学振PDに採用】申請書作成で気をつけていたこと

博士課程3年時の2023年5月に学振PDに申請し、2024年4月から学振PDとして採用していただくことになりました。（学振PDとは何かについては日本学術振興会のサイトなどをご覧ください。）業績の評価は研究分野にもよると思うのですが、自分は申請時、主著論文が1本しかない状...

列名が共通したデータを持つ複数のテキストファイルを上下に結合【Linux】

時々、列名が共通した同じ形式のファイルを、ひとまとめにしたいときがある。例えば、以下のようなファイルがあるとする。 network_stats_table.*.txtで、*の部分だけ異なるような場合だ。その任意のファイルの中身が以下のように、列名と数値でできているとする...

ggplot2でデフォルトでハイフン（-）で出てくるマイナス記号を、本物のマイナス記号（−）に修正する【R】

先日、投稿した論文の査読者に、図のマイナスがハイフンだと指摘された。デフォルトでの軸はこんな感じ↓ いやRでデフォルトでこうなってるのにそこ修正する？という感じだが、ハイフンであるのは間違いないので、修正することにした。以下、当時のツイート...

FUNGuildのエラー"UnicodeEncodeError: 'cp932' codec can't encode character~"の対処法

真菌の系統情報から、そのギルド（例：Saprotroph/腐生菌）を調べるのに便利なツールFUNGuildがある。参考：https://github.com/UMNFuN/FUNGuild 詳細な使い方は今回は割愛するとして、出たエラーとその対処法について書く。...

.tar.bz2と.tar.gzファイルをLinuxで解凍

シークエンシングデータはtar.bz2やtar.gzという形式で圧縮されていることが多い。 xxxxは任意のファイル名 tar.bz2の解凍 tar -jxvf xxxx.tar.bz2 tar.gzの解凍 tar -zxvf xxxx.tar.gz

Rで3つ以上のデータフレームをmerge（ある列の要素に従い横に結合）する

デフォルトのmerge関数では、2つのデータフレームまでしか結合できないので、3つ以上のデータフレームを結合する関数を定義する。参考サイト：http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/mb-arc/arc040/03212.html...