論文・申請書執筆に使えるリンク集【たまに更新】
【全般】 文章の推敲 日本語チェック（水元さん） 技術を伝えるときの執筆の方針（Logics of Blue） 雑誌名の略称の検索 Science and Engineering Journal Abbreviations 【論文】 論文の構成・文章の書き方 The...
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Ars longa, vita brevis
芸術は長く、人生は短し
2023年9月12日
自分が研究でよく使うRコード集
他の人に役に立つかわからないけど、自分はよく使うコードをメモ。 変数名は適宜変更してください。 ・数値が文字列として認識されてしまったときに、数値型に戻す num <- as.numeric(as.character(as.factor(nm)))...
2023年6月29日
生態学系の有用リンク集【たまに更新】
【理論系】 系統樹 分子系統解析の最前線 群集生態学 群集生態学における共存理論の現代的統合 細菌群集の時空間分布と物質循環をつなぐ：細菌とメタ群集理論 基礎生態学 基礎生態学 【解析系】 統計 実験計画の立て方とRを用いた分散分析: 実験計画法に応じた分散分析の実行...
9月30日
「石破は地方に強い」を検証してみた
2024年9月、自民党の総裁選で、石破茂さんが当選した。 自分は特に誰を応援していたわけでもないのだが、石破さん は地方創生を政策に掲げており[1]、また「石破は地方に強い」と言われることがあると知った[2]。 そこで、地方の人たちが石破さんをどれぐらい評価しているのかを、...
3月5日
【主著論文1本で学振PDに採用】申請書作成で気をつけていたこと
博士課程3年時の2023年5月に学振PDに申請し、2024年4月から学振PDとして採用していただくことになりました。 （学振PDとは何かについては日本学術振興会のサイトなどをご覧ください。） 業績の評価は研究分野にもよると思うのですが、自分は申請時、主著論文が1本しかない状...
2023年10月2日
列名が共通したデータを持つ複数のテキストファイルを上下に結合【Linux】
時々、列名が共通した同じ形式のファイルを、ひとまとめにしたいときがある。 例えば、以下のようなファイルがあるとする。 network_stats_table.*.txtで、*の部分だけ異なるような場合だ。 その任意のファイルの中身が以下のように、列名と数値でできているとする...
2023年10月1日
ggplot2でデフォルトでハイフン（-）で出てくるマイナス記号を、本物のマイナス記号（−）に修正する【R】
先日、投稿した論文の査読者に、図のマイナスがハイフンだと指摘された。 デフォルトでの軸はこんな感じ↓ いやRでデフォルトでこうなってるのにそこ修正する？という感じだが、ハイフンであるのは間違いないので、修正することにした。 以下、当時のツイート...
2023年8月7日
FUNGuildのエラー"UnicodeEncodeError: 'cp932' codec can't encode character~"の対処法
真菌の系統情報から、そのギルド（例：Saprotroph/腐生菌）を調べるのに便利なツールFUNGuildがある。 参考：https://github.com/UMNFuN/FUNGuild 詳細な使い方は今回は割愛するとして、出たエラーとその対処法について書く。...
2023年7月7日
.tar.bz2と.tar.gzファイルをLinuxで解凍
シークエンシングデータはtar.bz2やtar.gzという形式で圧縮されていることが多い。 xxxxは任意のファイル名 tar.bz2の解凍 tar -jxvf xxxx.tar.bz2 tar.gzの解凍 tar -zxvf xxxx.tar.gz
2023年7月7日
Rで3つ以上のデータフレームをmerge（ある列の要素に従い横に結合）する
デフォルトのmerge関数では、2つのデータフレームまでしか結合できないので、3つ以上のデータフレームを結合する関数を定義する。 参考サイト：http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/mb-arc/arc040/03212.html...
2023年6月29日
細菌・古細菌以外の生物由来のデータを除外（SILVAデータベース）
近年のSILVAでは、Chloroplast（葉緑体）、Mitochondria（ミトコンドリア）、Eukaryota（真核生物）と同定されて出てくる配列があるので、Rでそれらをはじくコードをメモ。 dataには、行にASV（OTU）、列にサンプル＋分類群（Kingdom,...
2023年3月31日
原核生物を記載するときの字体
論文を書くときに、いつも原核生物の名前のどの部分を斜体にすべきかわからなくなるので、まとめることにした。 ・属名と種名は全部斜体 例：Escherichia （属)＋coli（種）→ Escherichia coli ・属や種に続く、株名は通常フォント...
2022年11月16日
ローカルBLASTでDNA配列データベース作成とblastnの実行
以前の記事で、ウェブ版のBLASTで、アンプリコンシークエンシングで得た配列が本当にその生物由来か確かめるためにBLAST検索をかけた。 ざっくりと調べた感覚では、WEB版では自作のデータベースをリファレンスとして使えなさそうだったのと（詳しい方いらっしゃいましたら教えてく...
2022年11月16日
Claidentのインストールでつまづいた点と解決方法
前回の記事では、NCBIのウェブ版のblastnの機能を用いて、簡易的にNGSで得た配列が本当にその生物由来のものかを判定してみた。では、NCBIのウェブ版のblastnの機能を用いて、簡易的にNGSで得た配列が本当にその生物由来のものかを判定してみた。では、NCBIのウェ...
2022年9月11日
NGSで得た配列が対象の生物由来かをざっくりと確認
細菌の16S rRNA配列や真菌のITS配列のように、配列を既知のものと照合するデータベース（greengenes, Silva, UNITEなど）が充実しているものは、確認しなくてもいいかもしれない。 しかし、例えば特定の酵素を持つ微生物種の群集構造を調べるために、その酵...
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