時々、列名が共通した同じ形式のファイルを、ひとまとめにしたいときがある。 例えば、以下のようなファイルがあるとする。 network_stats_table.*.txtで、*の部分だけ異なるような場合だ。 その任意のファイルの中身が以下のように、列名と数値でできているとする...

シークエンシングデータはtar.bz2やtar.gzという形式で圧縮されていることが多い。 xxxxは任意のファイル名 tar.bz2の解凍 tar -jxvf xxxx.tar.bz2 tar.gzの解凍 tar -zxvf xxxx.tar.gz

以前の記事で、ウェブ版のBLASTで、アンプリコンシークエンシングで得た配列が本当にその生物由来か確かめるためにBLAST検索をかけた。 ざっくりと調べた感覚では、WEB版では自作のデータベースをリファレンスとして使えなさそうだったのと（詳しい方いらっしゃいましたら教えてく...

前回の記事では、NCBIのウェブ版のblastnの機能を用いて、簡易的にNGSで得た配列が本当にその生物由来のものかを判定してみた。では、NCBIのウェブ版のblastnの機能を用いて、簡易的にNGSで得た配列が本当にその生物由来のものかを判定してみた。では、NCBIのウェ...