ggplot2でデフォルトでハイフン（-）で出てくるマイナス記号を、本物のマイナス記号（−）に修正する【R】
先日、投稿した論文の査読者に、図のマイナスがハイフンだと指摘された。 デフォルトでの軸はこんな感じ↓ いやRでデフォルトでこうなってるのにそこ修正する？という感じだが、ハイフンであるのは間違いないので、修正することにした。 以下、当時のツイート...
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Ars longa, vita brevis
芸術は長く、人生は短し
2023年9月12日
自分が研究でよく使うRコード集
他の人に役に立つかわからないけど、自分はよく使うコードをメモ。 変数名は適宜変更してください。 ・数値が文字列として認識されてしまったときに、数値型に戻す num <- as.numeric(as.character(as.factor(nm)))...
2023年8月7日
FUNGuildのエラー"UnicodeEncodeError: 'cp932' codec can't encode character~"の対処法
真菌の系統情報から、そのギルド（例：Saprotroph/腐生菌）を調べるのに便利なツールFUNGuildがある。 参考：https://github.com/UMNFuN/FUNGuild 詳細な使い方は今回は割愛するとして、出たエラーとその対処法について書く。...
2023年6月29日
細菌・古細菌以外の生物由来のデータを除外（SILVAデータベース）
近年のSILVAでは、Chloroplast（葉緑体）、Mitochondria（ミトコンドリア）、Eukaryota（真核生物）と同定されて出てくる配列があるので、Rでそれらをはじくコードをメモ。 dataには、行にASV（OTU）、列にサンプル＋分類群（Kingdom,...
2023年3月31日
原核生物を記載するときの字体
論文を書くときに、いつも原核生物の名前のどの部分を斜体にすべきかわからなくなるので、まとめることにした。 ・属名と種名は全部斜体 例：Escherichia （属)＋coli（種）→ Escherichia coli ・属や種に続く、株名は通常フォント...
2022年11月16日
ローカルBLASTでDNA配列データベース作成とblastnの実行
以前の記事で、ウェブ版のBLASTで、アンプリコンシークエンシングで得た配列が本当にその生物由来か確かめるためにBLAST検索をかけた。 ざっくりと調べた感覚では、WEB版では自作のデータベースをリファレンスとして使えなさそうだったのと（詳しい方いらっしゃいましたら教えてく...
2022年11月16日
Claidentのインストールでつまづいた点と解決方法
前回の記事では、NCBIのウェブ版のblastnの機能を用いて、簡易的にNGSで得た配列が本当にその生物由来のものかを判定してみた。では、NCBIのウェブ版のblastnの機能を用いて、簡易的にNGSで得た配列が本当にその生物由来のものかを判定してみた。では、NCBIのウェ...
2022年9月11日
NGSで得た配列が対象の生物由来かをざっくりと確認
細菌の16S rRNA配列や真菌のITS配列のように、配列を既知のものと照合するデータベース（greengenes, Silva, UNITEなど）が充実しているものは、確認しなくてもいいかもしれない。 しかし、例えば特定の酵素を持つ微生物種の群集構造を調べるために、その酵...
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